細菌的特殊結(jié)構(gòu)是指某些細菌所特有的結(jié)構(gòu)，這些結(jié)構(gòu)在細菌的生存、致病以及鑒定等方面都具有重要意義，主要包括莢膜、鞭毛、菌毛和芽孢四種。

莢膜是某些細菌在細胞壁外包繞的一層黏液性物質(zhì)，其厚度不小于0.2μm 。莢膜的形成與環(huán)境條件密切相關(guān)，一般在動物體內(nèi)或營養(yǎng)豐富的培養(yǎng)基中容易形成。它具有多種功能，比如抗吞噬作用，這是細菌的重要毒力因子，能保護細菌抵抗吞噬細胞的吞噬和消化，使細菌在宿主體內(nèi)得以生存和繁殖；還能黏附作用，可使細菌彼此之間或細菌與組織表面相互黏附，有助于細菌在組織表面定植；同時具有抗有害物質(zhì)的損傷作用，保護細菌免受溶菌酶、補體等殺菌物質(zhì)的損傷。

鞭毛是許多細菌菌體上附著的細長并呈波狀彎曲的絲狀物，是細菌的運動器官。根據(jù)鞭毛的數(shù)量和部位，可將有鞭毛的細菌分為單毛菌、雙毛菌、叢毛菌和周毛菌。鞭毛的化學成分主要是蛋白質(zhì)，具有較強的抗原性，稱為鞭毛抗原。鞭毛的功能主要是運動，細菌的運動有化學趨向性，常向營養(yǎng)物質(zhì)處前進，而逃離有害物質(zhì)。此外，有些細菌的鞭毛與致病性有關(guān)，如霍亂弧菌、空腸彎曲菌等通過鞭毛的運動可穿越小腸黏膜表面的黏液層，有利于細菌黏附到腸黏膜上皮細胞，產(chǎn)生毒性物質(zhì)而致病。

菌毛是許多革蘭陰性菌和少數(shù)革蘭陽性菌菌體表面存在的一種比鞭毛更細、更短而直硬的絲狀物。菌毛分為普通菌毛和性菌毛兩類。普通菌毛遍布菌細胞表面，每菌可達數(shù)百根。普通菌毛是細菌的黏附結(jié)構(gòu)，能與宿主細胞表面的特異性受體結(jié)合，是細菌感染的第一步，因此菌毛和細菌的致病性密切相關(guān)。性菌毛比普通菌毛長而粗，僅有1 - 4根，帶有性菌毛的細菌稱為F 菌或雄性菌，無性菌毛者稱為F -菌或雌性菌。性菌毛能在細菌之間傳遞遺傳物質(zhì)，如耐藥性基因、毒力基因等，這在細菌的變異和進化中具有重要意義。