志賀菌感染的確診主要依賴于實驗室檢測，具體步驟如下：
1. 樣本采集：通常情況下，會從患者的新鮮糞便樣本中進行采集。如果患者有腹瀉癥狀，并且懷疑是志賀菌感染，那么及時、準確地收集糞便是非常重要的。
2. 直接涂片檢查：將采集到的糞便制成涂片，在顯微鏡下觀察是否有白細胞或紅細胞存在，這可以作為初步判斷依據(jù)之一。但這種方法不能直接確定是否為志賀菌感染。
3. 分離培養(yǎng)：使用選擇性培養(yǎng)基如SS瓊脂（Salmonella-Shigella Agar）或者麥康凱瓊脂等進行細菌的分離和純化。志賀菌在這些培養(yǎng)基上生長良好，形成特定形態(tài)的菌落，例如無色透明或半透明的小圓菌落。
4. 生化鑒定：對疑似志賀菌的菌株進行一系列生化反應(yīng)測試，包括但不限于葡萄糖發(fā)酵、乳糖發(fā)酵、硫化氫產(chǎn)生等特性測定。通過這些實驗可以進一步確認是否屬于志賀菌屬。
5. 血清學試驗：利用已知的抗血清來檢測未知菌株中的特異性抗原成分。這是最終確定菌種的重要手段之一，能夠區(qū)分不同類型的志賀菌（如痢疾志賀菌、福氏志賀菌等）。
6. 分子生物學方法：隨著分子技術(shù)的發(fā)展，現(xiàn)在也可以采用PCR等方法直接從臨床樣本中檢測志賀菌的特異性基因序列。這種方法具有高靈敏度和快速的特點，在某些情況下可能比傳統(tǒng)的培養(yǎng)法更為有效。

綜上所述，確診志賀菌感染需要結(jié)合多種實驗室檢查結(jié)果來綜合判斷。在實際操作過程中，應(yīng)根據(jù)具體情況選擇合適的檢測方法，并嚴格按照相關(guān)標準執(zhí)行。