真菌檢驗(yàn)常用的染色方法有多種，這些方法有助于在顯微鏡下更清晰地觀察真菌的形態(tài)結(jié)構(gòu)，從而輔助診斷。

革蘭染色是一種基本的染色方法。它利用細(xì)菌等微生物對(duì)結(jié)晶紫和碘液的結(jié)合能力以及乙醇脫色的不同表現(xiàn)來(lái)區(qū)分革蘭陽(yáng)性菌和革蘭陰性菌。對(duì)于真菌而言，大多數(shù)真菌可被染成革蘭陽(yáng)性，呈現(xiàn)紫色。通過(guò)革蘭染色可以初步觀察真菌的形態(tài)，如菌絲和孢子的大致形態(tài)，但對(duì)于一些特殊結(jié)構(gòu)的顯示不夠清晰。

乳酸酚棉藍(lán)染色也是常用方法之一。該染色液中的乳酸具有殺菌作用，酚可以固定真菌，棉藍(lán)能使真菌染成藍(lán)色。這種染色方法可以使真菌的菌絲和孢子清晰可見(jiàn)，而且標(biāo)本可以長(zhǎng)期保存。它能較好地顯示真菌的形態(tài)特征，如菌絲的分隔情況、孢子的大小和形態(tài)等，對(duì)于真菌的分類鑒定有重要意義。

墨汁負(fù)染色主要用于觀察新型隱球菌。在這種染色方法中，背景被墨汁染成黑色，而新型隱球菌的莢膜在黑色背景的襯托下呈現(xiàn)無(wú)色透明狀，非常容易觀察到其典型的圓形或橢圓形菌體以及寬厚的莢膜。這對(duì)于新型隱球菌的診斷具有關(guān)鍵作用，因?yàn)槠淝v膜是該菌的重要特征之一。

過(guò)碘酸雪夫染色（PAS染色）。過(guò)碘酸能將真菌細(xì)胞壁中的多糖氧化成醛基，雪夫試劑中的無(wú)色品紅與醛基結(jié)合形成紫紅色產(chǎn)物。真菌會(huì)被染成紅色，在顯微鏡下易于識(shí)別。PAS染色可以清晰地顯示真菌的形態(tài)和結(jié)構(gòu)，對(duì)于組織中真菌的檢測(cè)和診斷很有幫助，尤其適用于觀察一些在組織切片中的深部真菌。

六胺銀染色對(duì)真菌的顯示效果也很好。它能將真菌染成黑色，背景為淡綠色。這種染色方法可以清晰地顯示真菌的細(xì)微結(jié)構(gòu)，對(duì)于一些難以用其他染色方法觀察到的真菌，如組織中的一些深部真菌的菌絲和孢子，六胺銀染色可以提供更詳細(xì)的形態(tài)信息，有助于準(zhǔn)確診斷真菌性疾病。