消毒方法主要分為物理消毒法、化學(xué)消毒法和生物消毒法這幾大類。

物理消毒法是利用物理因素作用于病原微生物將之殺滅或清除的方法。其中熱力消毒是最常用的，包括干熱消毒和濕熱消毒。干熱消毒如焚燒，適用于廢棄的污染物品，能迅速徹底殺滅病原體；燒灼常用于實(shí)驗(yàn)室的接種環(huán)等耐熱器具的消毒。濕熱消毒有煮沸消毒，在日常生活中較為常見，一般在水中煮沸100℃經(jīng)5 - 10分鐘可殺滅細(xì)菌繁殖體，常用于餐具等的消毒；壓力蒸汽滅菌是醫(yī)院等場所對手術(shù)器械、敷料等進(jìn)行滅菌的重要方法，能在高溫高壓下有效殺滅包括芽孢在內(nèi)的所有微生物。輻射消毒也是物理消毒法的一種，如紫外線消毒，可用于空氣、物體表面的消毒，它能破壞細(xì)菌和病毒的核酸結(jié)構(gòu)，從而達(dá)到消毒目的，但紫外線穿透能力較弱。此外，還有過濾除菌，通過過濾介質(zhì)去除空氣中或液體中的微生物，常用于手術(shù)室、層流病房等的空氣凈化以及生物制品的制備過程。

化學(xué)消毒法是使用化學(xué)消毒劑進(jìn)行消毒的方法。根據(jù)消毒劑的殺菌能力可分為高效消毒劑、中效消毒劑和低效消毒劑。高效消毒劑能殺滅包括細(xì)菌芽孢、真菌孢子在內(nèi)的各種微生物，如過氧乙酸、戊二醛等，常用于對物品的嚴(yán)格消毒。中效消毒劑能殺滅除芽孢以外的各種微生物，如乙醇、碘伏等，乙醇常用于皮膚消毒，碘伏常用于皮膚、黏膜的消毒。低效消毒劑只能殺滅細(xì)菌繁殖體、部分真菌和親脂病毒，如新潔爾滅等，可用于一般的皮膚、黏膜消毒和物品表面的清潔消毒。

生物消毒法是利用某些生物來殺滅或清除病原微生物的方法。例如，在污水凈化處理中，可利用污水中的需氧微生物分解其中的有機(jī)物，降低污水中的微生物數(shù)量。另外，一些益生菌也可用于改善環(huán)境微生態(tài)，抑制有害微生物的生長繁殖，起到一定的消毒和預(yù)防疾病的作用。不過生物消毒法相對來說應(yīng)用范圍較窄，且效果可能不如物理和化學(xué)消毒法迅速和徹底，但它具有環(huán)保、安全等優(yōu)點(diǎn)。